El árbol de la vida v1.0

18/10/2015 0 comentarios
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Millones de especies en un mismo árbol de la vida

Reconstruir las relaciones filogenéticas en un solo árbol de la vida es un gran reto. Se estima que existen unas 1,8 millones de especies nominales de seres vivos y que la mayoría de ellas todavía no han sido descubiertas. Todavía no tenemos un árbol de la vida completo que incluya a todos los seres vivos y es que nos falta mucha información: GenBank, por ejemplo, contienen secuencias de ADN de unas 411.000 especies, solo el 22 % de las especies nominales estimadas. Además, la mayoría de las especies reconocidas nunca se han incluido en un análisis filogenético, porque no tenemos datos moleculares o morfológicos adecuados.

Durante años, los investigadores, empleando datos de secuencias genéticas y de morfología, han construido decenas de miles de árboles evolutivos que describen la historia evolutiva de animales, plantas y microbios. Ahora, un grupo de investigadores (1) han aplicado un proceso eficaz y automático para ensamblar los árboles publicados en un único árbol de la vida completo. Este árbol, y los datos que lo soportan, está disponible en internet (Open Tree of Life) y es la primera versión de un árbol de la vida universal con 2,3 millones de entradas. Es un árbol muy extenso en número de especies, pero está muy lejos de estar completo en términos de biodiversidad y filogenias. No supone una nueva relación filogenética sino que es un resumen de los conocimientos filogenéticos publicados y disponibles digitalmente.

El árbol puede actualizarse fácilmente con nuevos datos publicados y conforme se vayan digitalizando nuevos datos taxonómicos. Representa sólo la primera versión y constituye un excelente punto de partida para que la comunidad científica vaya aportando sus contribuciones.

<em>Open Tree of Life</em> es el primer intento de juntar todas las especies de seres vivos del planeta desde hace 3.500 millones de años.

Aunque la base de datos que han construido contiene 6810 árboles de 3062 estudios, el árbol se ha construido con datos de 484 estudios. No se han empleado todos los árboles publicados, se han empleado aquellos en los que había más consenso entre la comunidad científica, y no se han incluido los que simplemente confirman datos anteriores sin añadir nada nuevo. Además, uno de los problemas que han tenido los autores es que muchas filogenias publicadas están disponibles solo como figuras en las revistas y no se tienen los correspondientes formatos electrónicos que puedan ser integrados en una base de datos. Por eso, solo se han podido incluir el 16 % de los datos de filogenias. La mayoría de las filogenias publicadas no están en formato digital y no han podido incluirse en esta versión 1.0 del árbol.

Aunque este árbol supone una gran avance de síntesis, tiene algunas limitaciones. Por ejemplo, muchos microbios eucariotas, bacteria y arqueas no están representados en bases de datos taxonómicas disponibles y por tanto no se han podido incorporar al Open Tree of Life. Hay muchos datos de metagenómica de microbios pero no están asignados a especies concretas. Como hemos dicho, mucha información o no está disponible o solo lo está como imágenes que no se han podido incorporar. Lo mismo ocurre con hongos, nematodos e insectos, de los que por muchas especies no existen en las bases de datos taxonómicas o de secuencias. Por el contrario, cordados y embriofitas están prácticamente todos representados en el árbol. Para completar el árbol, es necesario un mayor esfuerzo de secuenciación, estudios filogenéticos adicionales y publicación y depósito de los árboles en bases de datos de los grupos que faltan.

También hay algunas discrepancias con las filogenias actuales, pero este árbol quiere ser una primera aproximación para que la comunidad científica contribuya con su información y el árbol de la vida se vaya ampliando y corrigiendo con nuevos datos e informaciones. Esta primera versión del árbol de la vida es fundamental para la investigación en la naturaleza de la diversidad biológica y tendrá implicaciones en los estudios de biología comparativa, ecología, biología de la conservación, cambio climático, agricultura y genómica.

The Open Tree of Life está en construcción, pero incluye una parte educativa que te animo a visitar: Explore especies

(1) Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life. Hinchliff CE, y col. Proc Natl Acad Sci USA. 2015. 112(41):12764-9. doi: 10.1073/pnas.1423041112.