Los metales llegan a los cursos de agua a través de múltiples vías. Mientras que una fracción se retiene en suelos y sedimentos, otra circula libremente por el agua de ríos, embalses y lagunas. Muchos metales son tóxicos para la biota cuando su concentración supera las bajísimas que son necesarias como micronutrientes.
De su incidencia en casos extremos, la sociedad ha sido testigo reciente. Recordemos el accidente de Aznalcóllar, en el que la rotura de una balsa de minería amenazó la supervivencia del propio Parque Natural de Doñana. O el rumano de Baia Mare, sobre el Danubio, con una altísima mortandad piscícola. En ambos casos, la capacidad de respuesta y adaptación de los sistemas naturales se vio ampliamente excedida por el tamaño de la agresión, quedando efectos duraderos sobre los elementos vivos del sistema. En una frecuencia de eventos mucho mayor, pero a concentraciones que no pueden calificarse de catastróficas, la llegada de tóxicos a los sistemas acuáticos puede producir efectos notables sobre la composición de la biota y la organización del ecosistema.