Diseñar nuevas moléculas que tengan las propiedades terapéuticas deseadas es el ideal de todo laboratorio farmacéutico. La química combinatoria es un poderoso método de síntesis de nuevas moléculas reales, que la modelización optimiza gracias al análisis de bancos combinatorios virtuales. Antes de sintetizar en la realidad un banco combinatorio, se prueban por programas informáticos adecuados las moléculas virtuales que contiene, para crear en el laboratorio las más prometedoras.
Aunque la modelización molecular se concibió en principio para racionalizar la búsqueda de moléculas nuevas, lo cierto es que hoy ayuda a se­leccionar moléculas que encierran un interés potencial obtenidas por química combinatoria.