El origen del maíz ha sido objeto de controversia durante más de una centuria. Por ceñirnos a su identidad y número de ancestros, las teorías que han intentado explicar la domesticación de esta gramínea se resumen en dos hipótesis fundamentales. La primera considera que el maíz cultivado moderno procede de un maíz silvestre extinto (del cual no se ha hallado prueba alguna); propone, además, que el teosinte constituye un producto de la hibridación entre dos gramíneas silvestres: un maíz primitivo y el Tripsacum. La segunda, y la que goza de mayor aceptación, supone que el maíz tuvo un solo ancestro directo: el teosinte.

Así, pues, hoy se acepta que esta gramínea cultivada se originó a partir del teosinte, hace unos 8000 años en Mesoamérica. La discusión se centra ahora en la distribución geográfica de la domesticación: ¿ocurrió ésta en un solo lugar (unicéntrica) o en varios (multicéntrica)? El estudio de la disposición de los nódulos cromosómicos, en función de la región y la raza, respalda la propuesta multicéntrica. El análisis filogenético de la constitución de microsatélites en el maíz y el teosinte, en cambio, apoya la opción unicéntrica. De la comparación de las dos hipótesis se deduce que ambas conforman la historia evolutiva del maíz.