Avances y retos en la comprensión de datos biológicos

Crónica del V congreso internacional sobre visualización.

La interacción del usuario con la información constituye un componente clave de la visualización de datos biológicos complejos. El programa Kartes (desarrollado por el Grupo de Genómica Estructural del Centro Nacional de Análisis Genómico y el Centro de Regulación Genómica) permite al investigador visualizar de forma simultánea las versiones 2D (secuencias lineales en la pantalla pequeña) y 3D (estructura verde en la pantalla grande) de una región determinada del genoma. [Grupo de Genómica Estructural CNAG-CRG]

La conferencia internacional sobre visualización de datos biológicos (www.vizbi.org) reúne cada año a científicos de todos los ámbitos para debatir sobre las formas de representar la multitud de datos biológicos que se están generando en la actualidad. Durante cuatro días se presentan numerosas herramientas y enfoques centrados en la representación visual orientada a facilitar la interpretación de datos complejos.

Una de las particularidades más interesantes de ese encuentro es que a él asisten, además de biólogos, especialistas en informática y visualización de datos. Así, el inicio de la última y quinta edición de la conferencia (celebrada en Heidelberg a principios del pasado mes de marzo), fue protagonizado por el informático experto en interpretación de grandes conjuntos de datos Jeffrey Heer, de la Universidad de Washington, quien introdujo a los participantes en los principios de la visualización de datos.

Heer citó dos factores que definen una buena visualización: la expresividad y la eficiencia. La opción más expresiva será la que incluya todos los datos que pretendemos representar, y solo esos. La más eficiente será la más rápida de interpretar. Para ilustrar estos aspectos se presentó un estudio que comparaba la interpretación de los mismos datos representados mediante diferentes formas: gráficos circulares y diagramas de barras. Se destacó en este trabajo el cambio de magnitud percibido por las personas entrevistadas respecto a las diferentes versiones. Conclusión: los gráficos circulares resultan engañosos y las barras son más adecuadas. De ahí que Manolis Savva, de la Universidad Stanford, y otros colaboradores desarrollaran en 2011 ReVision, un programa informático que permite «re-visualizar» gráficos circulares en forma de diagramas de barras.

Coordenadas, matrices y redes
Pero los datos biológicos poseen ciertas características que entrañan dificultades adicionales a su visualización. Nos referimos a la densidad y la multidimensionalidad.

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