El caso de la sinestesia "congénita" sólo afecta a una pequeña porción de la población general. Estas mezclas intermodales presentan combinaciones variadas: en algunos casos, la visión de un número evoca en el sinesteta un color (la cifra le aparece en colores, aunque esté escrita con tinta negra), mientras que en otros casos la percepción de una nota musical evoca un color o un sabor; en otros casos un sabor evoca una textura, etcétera.

Aunque estas características asemejan la sinestesia a la alucinación, la sinestesia se distingue por su carácter crónico, independientemente de su modo de inducción. Por lo demás, los mismos sinestetas se dan cuenta de su condición en una fase de su vida. Hay que tomar en cuenta también que la sinestesia mantiene una correspondencia estable y precisa a través del tiempo entre las representaciones de las modalidades concernidas. Por ejemplo, un sinesteta grafema-color que percibe como rojo el número 5 (escrito en negro) lo verá siempre de la misma manera, como si dos codificaciones estuvieran relacionadas de manera inextricable.