Durante el verano de 1842, Darwin escribe a lápiz 35 páginas de notas, su primera elaboración de una teoría sobre la evolución. En ellas se encuentran algunas refutaciones prudentes de las "opiniones ordinarias", según las cuales "la miríada de organismos que pueblan este mundo son fruto de un número equivalente de actos de creación":

"Como no sabemos nada de la [...] voluntad de un Creador, no vemos qué razón podría haber de que existiese tal o cual relación entre los organismos creados de tal modo; incluso podrían haber sido creados según un esquema totalmente distinto. Maravillaría, sin embargo, que ese esquema fuera precisamente el que resultaría de que los grupos de organismos descendiesen de los mismos padres [...]. Mientras se creía imposible que algunos organismos pudieran cambiar, o pudieran de algún modo adaptarse a otros organismos de manera compleja, y sin embargo permanecieran separados de ellos por una barrera de esterilidad infranqueable, era justificable, incluso habiendo indicios a favor de una ascendencia común, admitir distintas creaciones según la voluntad de un Creador omnisciente; o bien, [...] afirmar, como Whewell, que el origen de cada cosa sobrepasa la comprensión humana. En las secciones precedentes, he intentado demostrar que una tal variación o especificación no es imposible, e incluso desde muchos puntos de vista es absolutamente probable."