Los organismos individuales constituyen un objeto de estudio prioritario para la biología. Pero esta se ocupa también de otras clases de entidades: individuos que no son organismos (genes, poblaciones, especies), partes de los organismos o disociadas de estos y almacenadas en biobancos o en laboratorios (priones, orgánulos, células, tejidos, órganos), entidades semivivas (semillas, esporas) o restos de seres vivos (fósiles). A menudo no hay acuerdo sobre la clase de entidad a la que pertenece un objeto biológico: se debate si los virus son o no organismos vivos, si los endosimbiontes constituyen un solo organismo o incluso si los seres multicelulares deben entenderse como sistemas ecológicos formados por entidades de muchas especies. Por ello, el estatus teórico de los conceptos de organismo e individuo se ha convertido recientemente en un tema importante para la filosofía de la biología. En la discusión hay asuntos filosóficos básicos en juego: la naturaleza de la frontera entre lo vivo y lo no vivo, si hay entidades básicas en la vida y si las diferentes disciplinas biológicas pueden unificarse.