El desarrollo de los organismos pluricelulares requiere una gran proliferación celular para formar los diferentes órganos y tejidos. Uno de los primeros problemas que se plantea el investigador para entender el desarrollo de un organismo es la determinación de su linaje celular, es decir, la descripción de la historia de cada célula desde el oocito fecundado hasta la formación de órganos y tejidos adultos. Este tipo de análisis ha permitido determinar el origen de cada parte del cuerpo y establecer las relaciones entre las diversas partes. Podemos así deducir las subdivisiones principales del embrión y cómo se forman durante el desarrollo.

Los primeros embriólogos describieron el linaje celular de embriones de invertebrados (sanguijuelas, moluscos, poliquetos), ya que estos animales presentaban ciertas ventajas para semejante tipo de análisis: algunos embriones son transparentes y el linaje se puede seguir directamente hasta estadios de desarrollo avanzados; otros presentan coloraciones o gránulos específicos en ciertas células, o blastómeros con diferentes formas o tamaños, características que pasan a la progenie celular. Los resultados de estos trabajos permitieron definir las relaciones específicas entre patrones de división en el embrión temprano y la formación de determinados tejidos y órganos.